1.5.36.1. linuxserver/foldingathome
[!TIP]
前半部分是翻译官方的文档,最后一部分是我的简单试用(个别软件会深度试用),如果对Docker已经有一定的了解了,可以直接跳转到最后面 翻译之外 这部分来查看。
Folding@home → https://foldingathome.org/
GitHub → https://github.com/linuxserver/docker-foldingathome
Docker Hub → https://hub.docker.com/r/linuxserver/foldingathome
Folding@home 是一个分布式计算项目,用于模拟蛋白质动力学,包括蛋白质折叠的过程以及与多种疾病有关的蛋白质的运动。它汇集了公民科学家,他们自愿在他们的个人计算机上运行蛋白质动力学的模拟。这些数据的洞察力正在帮助科学家更好地了解生物学,并为开发治疗方法提供了新的机会。
1.5.36.1.1. 支持的系统架构
得益于docker的跨平台属性,我们的镜像也支持多架构(如,x86-64、arm64、armhf)。
直接拉取 ghcr.io/linuxserver/foldingathome
应该就可以自动获取适合你系统架构的版本,当然你也可以通过 tag 获取特定的版本。
架构 | Tag |
---|---|
x86-64 | latest |
1.5.36.1.2. 拉取镜像
docker pull ghcr.io/linuxserver/foldingathome
1.5.36.1.3. 使用方法
以下是一些简单的示例。
1.5.36.1.3.1. docker-compose
兼容docker-compose v2
---
version: "2.1"
services:
foldingathome:
image: ghcr.io/linuxserver/foldingathome
container_name: foldingathome
environment:
- PUID=1000
- PGID=1000
- TZ=Europe/London
volumes:
- /path/to/data:/config
ports:
- 7396:7396
- 36330:36330 #optional
restart: unless-stopped
1.5.36.1.3.2. docker cli
docker run -d \
--name=foldingathome \
-e PUID=1000 \
-e PGID=1000 \
-e TZ=Europe/London \
-p 7396:7396 \
-p 36330:36330 `#optional` \
-v /path/to/data:/config \
--restart unless-stopped \
ghcr.io/linuxserver/foldingathome
1.5.36.1.4. 参数
Docker镜像在使用的时候需要配置一些参数,这些参数使用 :
分隔,分别表示 宿主机:容器内
。例如 -p 8080:80
指的是将容器内的80
端口映射到宿主机上的8080
端口,即通过宿主机网络访问的话,访问8080
端口即是访问容器内的80
端口。
1.5.36.1.4.1. 端口(-p)
port | 说明 |
---|---|
7369 |
Web界面 |
36330 |
(可选)通过 FAHControl 进行远程连接的端口(无密码) |
1.5.36.1.4.2. 环境变量(-e)
env | 说明 |
---|---|
PUID=1000 |
用户的 UID,详见下面的说明 |
PGID=1000 |
用户的 GID,详见下面的说明 |
TZ=Europe/London |
设置时区,在国内的话可以使用 Asia/Shanghai |
1.5.36.1.4.3. 卷映射(-v)
volume | 说明 |
---|---|
/config |
配置文件所在路径 |
1.5.36.1.5. 从文件加载环境变量
可以使用前缀名为 FILE__
的文件来加载环境变量。
例:
-e FILE__PASSWORD=/run/secrets/mysecretpassword
将把 /run/secrets/mysecretpassword
文件中的内容作为 PASSWORD
变量的值。
1.5.36.1.6. 运行程序的umask(文件掩码)
我们所有的镜像都可以使用 -e UMASK=022 来设置覆盖容器内服务的umask。关于Linux umask可以通过这里了解,或自行百度学习。
1.5.36.1.7. UID和GID
当使用 -v
映射卷的时候,宿主机和容器内会出现关于权限的问题,我们的镜像可以通过指定 PUID
和 GUID
来避免此类问题。
可以使用你目前正在使用的用户的UID和GID进行设置,这样就不会存在权限问题。
可以通过如下的方式查看当前用户的UID和GID:
$ id $user
uid=1000(dockeruser) gid=1000(dockergroup) groups=1000(dockergroup)
[!NOTE]
如果没特殊需求,可以将后续所有容器的id都设置为当前非root用户的id,这样会省去解决很多关于文件权限的问题(可以查看 什么是PUID和PGID 这篇文章了解更多)。当然,如果有特殊需要可以给不同的容器设置不同的id,即分配给不同的用户。使用
useradd
命令即可添加用户。通常来说,除root账户外,第一个建立的用户的UID和GID都是1000,然后递增生成。
1.5.36.1.8. 安装说明
镜像将启动 Folding@home 客户端,访问 http://ip:7396
进入界面
内建的web服务器只能进行非常基础的控制(如,GPU只在设置为 Medium 以上时才可用)。如果要进行更多控制,需要在其他设备上用 FAHControl 通过 36330
端口连接(无密码)
web界面有以下几个问题:
- 如果尝试通过IP访问时收到“ ERR_EMPTY_RESPONSE”错误,则最有可能是由于Cookie /缓存冲突。尝试在放大窗口中打开。
- 如果您不断刷新窗口但没有显示任何信息,请尝试通过shft-F5或ctrl-F5强制刷新。
1.5.36.1.8.1. GPU硬件加速
Nvidia
Nvidia的硬件加速用户将需要在其主机上安装Nvidia提供的容器运行时,有关说明,请参见:https://github.com/NVIDIA/nvidia-docker
。
我们自动添加必要的环境变量,该变量将利用所有主机上GPU上可用的功能。在主机上安装nvidia-docker之后,您将需要使用nvidia容器运行时--runtime = nvidia
重新/创建docker容器,并添加环境变量-e NVIDIA_VISIBLE_DEVICES = all
(也可以设置为特定GPU的UUID,这可以通过运行nvidia-smi --query-gpu = gpu_name,gpu_uuid --format = csv
来获取。 NVIDIA会自动将主机中的GPU和驱动程序安装到foldingathome docker容器中。
1.5.36.1.9. 支持
- 进入容器:
docker exec -it foldingathome /bin/bash
- 查看容器日志:
docker logs -f foldingathome
- 查看容器版本号:
docker inspect -f '{{ index .Config.Labels "build_version" }}' foldingathome
- 查看镜像版本号:
docker inspect -f '{{ index .Config.Labels "build_version" }}' ghcr.io/linuxserver/foldingathome
1.5.36.1.10. 翻译之外
又是一个科研项目,为科研贡献出自己的一份力吧!